С позиций современных научных представлений системность всегда была методом любой науки. Возможно, что принципы системности применялись не всегда осознанно, но, тем не менее, любой ученый прошлого, который и не помышлял о системном подходе, так или иначе имел дело с системами и моделями объектов или процессов. Ранее всего системные проблемы были осознанны философами.
Первым вопрос о научном подходе к управлению сложными системами поставил М. А. Ампер. Он впервые выделил кибернетику как специальною науку об управлении государством, обозначил её место в ряду других наук и сформулировал её системные особенности. Идеи системности применительно к управлению государством развивались в работах польского ученого Б. Трентовского. Он отмечал, что действительно эффективное управление должно учитывать все важнейшие внешние и внутренние факторы, влияющие на объект управления. Трентовский рассматривает общество как систему, которая развивается путем разрешения противоречий. И все-таки общество середины 19-го столетия было не готово к восприятию системных преставлений. Прошло еще более полувека, прежде чем системная проблематика прочно заняла свое место в научных публикациях. К числу основоположников теории систем можно заслужено отнести российского ученого, академика Е.С. Федорова. Развивая системные представления Федоров установил ряд других закономерностей развития систем, в частности, им было замечено такое свойство систем как самоорганизация, способность к приспособлению, к повышению стройности.
Следующим этапом в развитии системных представлений явились работы А.А.Богданова, который в начале ХХ в. начал создавать теорию организации (тектологию). Основная идея теории Богданова заключается в том, что все существующие объекты и процессы имеют определенный уровень организованности, который тем выше, чем сильнее свойства целого отличаются от простой суммы свойств комплектующих элементов. Именно анализ свойств целого и его частей был впоследствии заложен в качестве основной характеристики понятия сложной системы. Именно анализ свойств целого и его частей был впоследствии заложен в качестве основной характеристики понятия сложной системы.
Позднее идеи теории организации развивались в трудах выдающихся представителей отечественного естествознания И.И.Шмальгаузена, В.Н.Беклемишева и ряда других специалистов, вклад которых во многих отношениях явился решающим в формировании «теории организации».